возможно проблема в задающем диске на маховике и поэтому не правильный сигнал идёт на датчик коленвала соответственно то что видит он и датчик распредвала не соответствует, тут бы помог осциллограф. посмотреть бы диаграмму, просто на исузу бывает такое что зубья обламывает и чтоб не покупать новый маховик который стоит конских денег его начинают восстанавливать, я сам сталкивался с этим, дошло до того что последним вариантом было снять коробку и посмотреть, в итоге сняли коробку а там два зуба с дефектом, а до этого всё проверял смотрел, подкидывал мозги и т.д.

Причём, весьма существенно.
Это избавило бы от многих трудоёмких телодвижений.
Сравнив осциллограмму с эталонной, было бы ясно, что там с каждым зубом и с синхронизацией..

ну да, хоть с эталонной хоть вообще её бы посмотреть, там то более наглядно, да и дешевле чем коробку снимать))) хотя можно просто выкрутить датчик коленвала и вручную прокручивая мотор ключом заглянуть в посадочное место датчика, будет не удобно и мало что видно но всё же))