Вопрос решен.
Проблема была в недостаточном напряжении программирования Vpp выдаваемом COM-портом. Перепробовал на разных системниках и ноутбуках. Максимум что получилось: 11.3V на стационарнике(но это всё равно мало, нужно 12-13V), на ноутбуке вообще 5-6V.
При подключении USB-программатора PicKit2 микросхема с надписью "18f258" определилась как 18f248 - как я и предполагал
.
Залитая прошивка для 18f248 восстановила работу CAN-шины (потерь пакетов нет).