Если читает все FFF то значит не правильно что-то подключили , если лок биты будут установлены ,то читаться атмега будет , но в дампе будет примерно так : 123456789abcdef....., я лично сам атмегу программировал через лпт , и через поник и через всякие другие программаторы , и поэтому я и посоветовал чем проще и удобнее это сделать с минимальным гемором в виде создания проэкта и т д. кстати вилем тоже их читает и пишет прекрасно ,примерно так-же как 5 проводков от лпт с резисторами ,MOSI MISO CLK RESET GND , ну и плюс 5 вольт можно с прогера взять , это для внутрисхемного программирования, если выпаивать ,то надо повесить еще кварц дополнительно .
Более подробно как это сделать написано вот тут
http://www.willem-ua.com/forum